Teisipäev, 8. juuli 2014. - Vall d'Hebroni instituudi (VHIR) teadlaste meeskond on osalenud rahvusvahelises uuringus, mille käigus on tuvastatud inimese mikrobiotas (soolefloora) 518 uut, seni täiesti tundmatut mikrobakterit.
Uurimistöö käigus, milles teadlased on kasutanud uut lähenemisviisi bioinformaatilisele analüüsile, on laiendatud ka teadaolevate mikroobide geenide kataloogi 3 miljonilt 10 miljonile.
Selle pühapäeval ajakirja Nature Biotechnology avaldatud uurimistöö tulemused on osa Euroopa MetaHIT-i projektist (inimese sooletrakti Metagenomics), millele eraldati 11, 4 miljonit eurot, et uurida, kuidas inimese mikrobiome on seotud tervise ja haigustega . Vall d'Hebroni instituut de Recerca (VHIR) on üks 13st selles projektis osalenud - ja ainus Hispaania keskus - dr Francisco Guarneri juhtimisel, kes selgitas, et mitte kõigil uuritud proovidel pole seda tundmatute liikide arv.
Mõne indiviidi soolefloora proovides on neid liike väga vähe ja üksikasjaliku analüüsi korral on näha, et need on Crohni tõvega patsientide proovid. "See viitab sellele, et need liigid, seni tundmatud, on tõenäoliselt need, mis teevad vahet tervete ja haigete mikrobiotol, " teatas Guarner.
Teadlase sõnul avavad need andmed strateegiaid nende liikide taastamiseks toitumissekkumisega: kiudude manustamine, mõnede liikide selektiivset kasvu soodustavad prebiootikumid või probiootikumid.
Need tundmatud bakterid on tõenäoliselt niinimetatud "headest bakteritest", kuna need pole tüüpilised, mis põhjustavad infektsiooni, samuti pole neid varem teada ega isoleeritud. Guarneri sõnul ei saa avastatud baktereid isoleerida, sest "peaaegu kindlasti ei elaks nad siirdamise eesmärgil väljaspool käärsoole".
VHIR-i füsioloogia ja seedepatofüsioloogia rühma töö eest vastutav isik on märkinud, et uued avastatud liigid "ei ole kasvatatavad, on hapniku suhtes väga tundlikud, see tähendab, et nad on väga ranged anaeroobid ja sõltuvad oma keskkonnast suurel määral, et suuta ellu jääda. " "Samal põhjusel ei leidnud me andmebaasidesse minnes jälge ja seni ei teadnud me neist midagi, " sõnas Guarner.
Avastamine on võimalik tänu uuele bioinformaatilise analüüsi lähenemisviisile, mis võimaldas neil liikidel pinnale jõuda.
"Praegu on Guarneri sõnul teada ainult 10% sekveneeritud geneetilisest materjalist 95% usaldusväärsusega. See jätab tohutu halli ala, millega praegu töötatakse."
Uuringus on tuvastatud 741 erinevat metagenoomilist liiki, mida on nimetatud nende nime määramise võimatuse tõttu. Võrreldes andmebaasidega, on teadlased näinud, et neist liikidest oli juba teada 115, samas kui 518 pole teada; ülejäänud 108 on osaliselt teada.
"Nüüd me teame, kuidas nende metagenoomsete liikide genoom välja näeb, kuid mitte nende nimesid ja perekonnanimesid, " selgitas Guarner.
Väike arv, kelle liike ei ole teada, kuid nende sugu või perekond, kuhu nad kuuluvad, ja umbes 200 kirjeldatud genogeenset liiki ei saa mingil viisil klassifitseerida, kuna enam kui 80% nende geenidest on täiesti tundmatud täna
Teadlaste sõnul on inimestes elavaid mikroorganisme umbes 100 miljardit, mis on 10 korda rohkem kui inimese rakkude koguarv.
Sama projekti esialgsed tulemused 2010. aastal osutasid 3 300 000 erinevale geenile, mis tõlgiti 20 000 erinevaks funktsiooniks, millest 5000 olid seni täiesti tundmatud.
Igal inimesel on neid mikroobseid geene umbes 600 000 ja 300 000 kordub pidevalt kõigi indiviidide vahel. "Selles uues uuringus korrutatakse arv kolmega ja saavutatakse 9 879 896 erinevat geeni, " ütles Guarner.
Allikas:
Silte:
Dieet-Ja Toitumise Erinev Uudised
Uurimistöö käigus, milles teadlased on kasutanud uut lähenemisviisi bioinformaatilisele analüüsile, on laiendatud ka teadaolevate mikroobide geenide kataloogi 3 miljonilt 10 miljonile.
Selle pühapäeval ajakirja Nature Biotechnology avaldatud uurimistöö tulemused on osa Euroopa MetaHIT-i projektist (inimese sooletrakti Metagenomics), millele eraldati 11, 4 miljonit eurot, et uurida, kuidas inimese mikrobiome on seotud tervise ja haigustega . Vall d'Hebroni instituut de Recerca (VHIR) on üks 13st selles projektis osalenud - ja ainus Hispaania keskus - dr Francisco Guarneri juhtimisel, kes selgitas, et mitte kõigil uuritud proovidel pole seda tundmatute liikide arv.
Mõne indiviidi soolefloora proovides on neid liike väga vähe ja üksikasjaliku analüüsi korral on näha, et need on Crohni tõvega patsientide proovid. "See viitab sellele, et need liigid, seni tundmatud, on tõenäoliselt need, mis teevad vahet tervete ja haigete mikrobiotol, " teatas Guarner.
"Head bakterid"
Teadlase sõnul avavad need andmed strateegiaid nende liikide taastamiseks toitumissekkumisega: kiudude manustamine, mõnede liikide selektiivset kasvu soodustavad prebiootikumid või probiootikumid.
Need tundmatud bakterid on tõenäoliselt niinimetatud "headest bakteritest", kuna need pole tüüpilised, mis põhjustavad infektsiooni, samuti pole neid varem teada ega isoleeritud. Guarneri sõnul ei saa avastatud baktereid isoleerida, sest "peaaegu kindlasti ei elaks nad siirdamise eesmärgil väljaspool käärsoole".
VHIR-i füsioloogia ja seedepatofüsioloogia rühma töö eest vastutav isik on märkinud, et uued avastatud liigid "ei ole kasvatatavad, on hapniku suhtes väga tundlikud, see tähendab, et nad on väga ranged anaeroobid ja sõltuvad oma keskkonnast suurel määral, et suuta ellu jääda. " "Samal põhjusel ei leidnud me andmebaasidesse minnes jälge ja seni ei teadnud me neist midagi, " sõnas Guarner.
Erinevad metagenoomilised liigid
Avastamine on võimalik tänu uuele bioinformaatilise analüüsi lähenemisviisile, mis võimaldas neil liikidel pinnale jõuda.
"Praegu on Guarneri sõnul teada ainult 10% sekveneeritud geneetilisest materjalist 95% usaldusväärsusega. See jätab tohutu halli ala, millega praegu töötatakse."
Uuringus on tuvastatud 741 erinevat metagenoomilist liiki, mida on nimetatud nende nime määramise võimatuse tõttu. Võrreldes andmebaasidega, on teadlased näinud, et neist liikidest oli juba teada 115, samas kui 518 pole teada; ülejäänud 108 on osaliselt teada.
"Nüüd me teame, kuidas nende metagenoomsete liikide genoom välja näeb, kuid mitte nende nimesid ja perekonnanimesid, " selgitas Guarner.
Väike arv, kelle liike ei ole teada, kuid nende sugu või perekond, kuhu nad kuuluvad, ja umbes 200 kirjeldatud genogeenset liiki ei saa mingil viisil klassifitseerida, kuna enam kui 80% nende geenidest on täiesti tundmatud täna
Inimesel on 600 000 mikroobi geeni
Teadlaste sõnul on inimestes elavaid mikroorganisme umbes 100 miljardit, mis on 10 korda rohkem kui inimese rakkude koguarv.
Sama projekti esialgsed tulemused 2010. aastal osutasid 3 300 000 erinevale geenile, mis tõlgiti 20 000 erinevaks funktsiooniks, millest 5000 olid seni täiesti tundmatud.
Igal inimesel on neid mikroobseid geene umbes 600 000 ja 300 000 kordub pidevalt kõigi indiviidide vahel. "Selles uues uuringus korrutatakse arv kolmega ja saavutatakse 9 879 896 erinevat geeni, " ütles Guarner.
Allikas:
